Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών που ανήκει στον Τομέα Μαθηματικών Προγραμματισμού και Γενικών Μαθημάτων και έχει διευθυντή προγράμματος τον Καθηγητή του Τμήματος Πολιτικών Μηχανικών του ΔΠΘ κ. Βασίλη Παπαδόπουλο. Το πρόγραμμα οργανώθηκε και αρχίζει να λειτουργεί από το 2015 ως Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) του Τμήματος Πολιτικών Μηχανικών του ΔΠΘ σε συνεργασία με το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών και το Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος του ΔΠΘ. Αντικείμενο του Προγράμματος είναι η μεταπτυχιακή διδασκαλία, έρευνα και πρακτική εφαρμογή των Μαθηματικών στην επιστήμη και την τεχνολογία. Η ελάχιστη χρονική διάρκεια του προγράμματος ορίζεται σε δεκαοκτώ (18) μήνες (τρία ακαδημαϊκά εξάμηνα σπουδών).